Le hérisson a peu de prédateurs naturels. Ce sont essentiellement le blaireau et le hibou grand-duc qui disposent de griffes assez puissantes et longues passer à travers les piquants. Occasionnellement, le renard, le chien, la fouine peuvent aussi attaquer ou blesser des hérissons.

Les plus grands dangers qu’il encourt sont plutôt d’ordre anthropiques comme la voiture, les blessures par lames (débroussailleuses, robots-tondeuse), les empoisonnements (insecticides, mort aux rats, granulés pour limaces…), les feux de broussailles, mais aussi ceux liés la réduction des habitats, le cloisonnement des jardins, le manque d’abris, la présence de pièges (trous, pièces d’eau, filets).

Le hérisson héberge de nombreux parasites comme les puces et tiques. Quand l’animal est en bonne forme, ceux-ci sont en petit nombre et ne présentent pas de danger. Depuis peu, une surinfection bactérienne difficile à soigner semble faire des dégâts sur les animaux blessés.